No fue el presidente Boyer quien más mal trato infringió a Juan Pablo Duarte, pues en su régimen no confrontó ningún problema. Al contrario, Duarte inició su carrera militar en 1834, antes de la fundación de la Trinitaria y ya para 1842, era Capitán de la Guardia Nacional.
No fue el general Charles Herard, triufador del movimiento de La Reforma que derrocó a Boyer en marzo de 1843, y continuó la dominación haitiana. Pues con Herard, Duarte fue miembro de la Junta Popular de Santo Domingo y fue ascendido a coronel de la Guardia Nacional, comandante de los regimientos que controlaban la Ciudad de Santo Domingo.
No fue la Junta Central Gubernativa, presidida por Tomás Bobadilla, quien lo mandó a buscar y a que le trajeran junto a Juan Isidro Pérez y Pedro Alejandrino Pina. A su retorno el 14-15 de marzo de 1844, fue ingresado al Ejército Dominicano con el rango de General de Brigada, se le incorporó como miembro a la Junta Central Gubernativa y se le designó gobernador de la Ciudad de Santo Domingo.
Luego de la victoria de Pedro Santana, el 19 de marzo de 1844, en Azua, a Duarte se le puso una División bajo su mando. Con tal decisión, la Junta Central Gubernativa presidida por Tomás Bobadilla de hecho lo elevó a general de División.
No fue la Junta Central Gubernativa presidida por el general Pedro Santana quien lo desterró por haberlo encontrado responsable del primer golpe de Estado en la recién nacida República Dominicana, el 9 de junio de 1844. Y por las pruebas escritas encontradas de un segundo golpe de Estado, ya en julio del mismo año, contra la Junta Central Gubernativa, producto del Golpe de Estado del 9 de junio, presidida por el general Francisco del Rosario Sánchez.
No fue el presidente Constitucional Manuel Jiménez, quien decretó una amnistía para todos los deportados del 1844, amparados en ese decreto regresaron todos menos Duarte…hasta Tomás Bobadilla retornó, que estaba desterrado por el presidente Constitucional Pedro Santana desde junio de 1847.
Ellos sí que fueron
Fueron Los Restauradores, encabezados por su Vicepresidente del Gobierno Restaurador con asiento en Santiago, Ulises Francisco Espaillat, quienes MÁS MALTRATARON A DUARTE.
El presidente del Gobierno Restaurador, general Pepillo Salcedo, no recibió a Juan Pablo Duarte.
Los Restauradores le dieron un empleo a Mariano Díez, tío de DUARTE y emplearon a Vicente Celestino Duarte, hermano de DUARTE. Ambos parientes mayores de edad que Juan Pablo Duarte. También emplearon a Manuel Rodríguez Objío, secretario de DUARTE. Y, finalmente, al general venezolano Candelario Oquendo, quien tuvo mucho que ver con el derrocamiento y fusilamiento del general Pepillo Salcedo, primer presidente del Gobierno de la Restauración.
Espaillat le entregó una carta a Juan Pablo Duarte designándolo Plenipotenciario ante el Gobierno de Venezuela y así consiga recursos para las fuerzas restauradoras, sabiendo ellos (los restauradores) que DUARTE nunca consiguió recursos en Venezuela.
En los últimos días de DUARTE en Venezuela gobernaba aquí en República Dominicana el presidente Ignacio María González, quien le dirigió a Duarte una comunicación escrita proponiéndole que regresara, pero no envió ninguna Goleta a buscarlo, ni le mandó ningún dinero, aunque dice el presidente González que había instruido al cónsul Dominicano en Curazao facilitar a DUARTE esos recursos para su regreso.
Orlando Inoa reconoce que la Junta Central Gubernativa presidida por Tomás Bobadilla actuó correctamente al fletar la Goleta Leonor, poner de Capitán a Juan Alejandro Acosta, incluir en la nueva tripulación a Enrique Duarte Villeta, sobrino de Juan Pablo Duarte y llevarle la comunicación oficial de mano del trinitario fundador Juan Nepomuceno Ravelo, en la cual le dice que la República Dominicana fue proclamada la noche del 27 de febrero de 1844. Además, que fue correcto el mitin oficial apoteósico de recibimiento, ingresarlo al Ejército Dominicano con rango de general de Brigada, designarlo Comandante de la Plaza de Santo Domingo y su incorporación como miembro de la misma Junta Central Gubernativa.
Lo antes dicho, se comprueba cuando Inoa se lamenta: «Contrario a lo ocurrido en el 1844, DUARTE no fue llamado a la Patria…», «ni tan siquiera fue informado oficialmente de que el Gobierno Restaurador había salido victorioso de esa lucha, que si bien fue militarmente desigual, brilló en ella el espíritu patriótico dominicano, Duarte simplemente fue ignorado (Orlando Inoa, Biografía de Juan Pablo Duarte, Letra Gráfica, 2008, pág 195).
Fueron los restauradores los que más maltrataron a DUARTE, lo despacharon para siempre.
DUARTE murió en Venezuela el 15 de julio de 1876.